Ochrana před povodněmi je jednou z priorit veřejného zájmu pro obyvatelstvo a národní hospodářství, a proto hlavním finančním zdrojem jsou prostředky státního rozpočtu a fondů EU za spolufinancování z některých dalších, zejména veřejných, finančních zdrojů. Primárně by měly být čerpány evropské fondy. Pro opatření, která není možné financovat z evropských fondů, vznikají doplňkové národní programy. Resort Ministerstva životního prostředí a resort Ministerstva zemědělství by měly plánovat dostatečné množství finančních prostředků na realizaci vhodných opatření ve svých rozpočtových kapitolách a to tak, aby nedocházelo k překryvům mezi evropskými a národními tituly.
Rubrika financování obsahuje informace a přehled národních a evropských dotačních titulů Ministerstva životního prostředí, z nichž je možné čerpat finanční prostředky na ochranu před povodněmi, či na likvidaci škod po proběhlých povodních.