Úřad z moci úřední rozhodne o zrušení integrovaného povolení při ukončení provozu poté, co byly splněny podmínky integrovaného povolení spojené s ukončením provozu zařízení, nebo nevyužívání integrovaného povolení bez vážného důvodu po dobu delší než 4 roky.
Pokud podle čl. 17 nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1013/2006 není podáváno nové oznámení, ministerstvo může na základě oznámení změny v přeshraniční přepravě rozhodnout o změně vydaného rozhodnutí.