Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Zrušení certifikátu k regulovaným látkám nebo fluorovaným skleníkovým plynům
Ministerstvo může zrušit certifikát při závažném porušení podmínek uvedených v certifikátu nebo povinností stanovených zákonem 73/2012 Sb. anebo povinností stanovených přímo použitelnými předpisy Evropské unie (nařízení 1005/2009 a 517/2014).