Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Uložení plnění povinností osobám, které se zúčastnili nedovolené přeshraniční přepravy odpadů
V případě přeshraniční přepravy, kterou nelze dokončit, nebo nedovolené přeshraniční přepravy může ministerstvo uložit splnění povinností podle čl. 22 až 25 nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1013/2006.