Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Fyzická nebo právnická osoba může podat oznámení na příslušný orgán o nefunkčnosti preventivních opatřeních k zabránění vzniku ekologické újmy způsobené jeho některou z provozních činností provozovatele